La cour de la médersa est entourée de 125 cellules-khujra. Chaque khujra du premier étage est équipé d'installations auxiliaires, et tous les khujras du deuxième étage ont des loggias. Quatre puissants peshtaks arqués émergent dans la cour. En outre, il y avait plusieurs amphithéâtres dans la médersa - darshona, une mosquée obligatoire pour les écoles musulmanes et beaucoup de bureaux. Décorant les façades extérieures et de la cour de la médersa, les artisans semblaient rivaliser dans l'art de faire des ornements qui incarnaient les idéaux de beauté et de perfection de cette époque. La variété des compositions à motifs et la performance impeccable des mosaïques sculptées et des majoliques dans la médersa de Mukhammad Aminkhana étonne l'imagination.