L’actuelle citadelle Ark, résidence royale, date du XVI ème siècle, sous les Chaybanides, à l’emplacement d’une forteresse élevée au VII ème siècle. Les émirs y ont vécu jusqu’en 1920. L’Ark fut détruite à 80% en 1920, par un incendie causé par les bombardements soviétiques et par l’émir Alim Khan qui voulait détruire des zones compromettantes. Il reste les remparts, le portail d’entrée, la mosquée, la salle du trône. Devant la citadelle, se trouve la place du Reghistan où avaient lieu les supplices et exécutions. L’émir y assistait dans une tribune, au dessus du portail d’entrée.

La citadelle est entourée de 800 m de remparts et couvre une superficie de 4 ha. Sur les remparts, les bois apparents servaient pour l’échafaudage et aussi pour le renforcement des remparts.

La salle du trône date du XIX ème siècle et a été restaurée. Le khan y accueillait les ambassadeurs.

Le petit peuple allait de la porte au trône à genoux, les yeux baissés pour parler de leur problème au khan. Les visiteurs devaient ensuite sortir à reculons portail d'entrée, vu de l'intérieur de la salle du trône. Le muret marque l’endroit où ils avaient le droit de se retourner sur le dôme, l'élément représente l'Ancien testament (boule du bas), le nouveau testament (au milieu), le Coran (le croissant).

La moderne citadelle présente son énorme complexe de musée. Ici on peut connaitre l’histoire de l’Ark au debut du fondament jusqu’aux nos jours. La plus intéressante exposition de cette citadelle sont la numismatique et l'épigraphie. Elles sont connues par ses gammes d’expositions des anciennes monnaies. En plus, dans la territoire de citadelle, on se trouve le musée écologique où on peut voir les expositions et on peut apprendre en détail la nature de Boukhara.