Двор медресе окружают 125 келий-худжр. Каждая худжра первого этажа снабжена подсобными помещениями, а все худжры второго этажа имеют лоджии. Во внутренний двор выходят четыре мощных арочных пештака. Кроме того, в медресе было несколько лекционных залов – дарсхона, обязательная для мусульманских учебных заведений мечеть и множество служебных помещений. Украшая внешние и дворовые фасады медресе, ремесленники, казалось, соревновались в искусстве составления орнаментов, воплощавших идеалы красоты и совершенства той эпохи. Разнообразие узорных композиций и безупречное исполнение резной мозаики и майолики в медресе Мухаммад Аминхана поражает воображение.